Систем за електрофорезу се састоји од две главне компоненте: напајања и коморе за електрофорезу. Напајање обезбеђује струју. "Снага", у овом случају, је електрична енергија. Струја која долази из напајања тече, у једном смеру, од једног краја коморе за електрофорезу до другог. Катода и анода коморе су оно што привлачи супротно наелектрисане честице.
Унутар коморе за електрофорезу налази се послужавник - тачније, посуда за ливење. Посуда за ливење се састоји од следећих делова: стаклене плоче која се налази на дну посуде за ливење. Гел се држи у посуди за ливење. "Чешаљ" личи на његово име. Чешаљ се поставља у прорезе са стране посуде за ливење. Ставља се у уторе ПРЕ него што се сипа врући, растопљени гел. Након што се гел стврдне, чешаљ се вади. "Зуби" чешља остављају мале рупе у гелу које називамо "бунари". Бунари се праве када се врели, растопљени гел стврдне око зубаца чешља. Чешаљ се извлачи након што се гел охлади, остављајући бунаре. Бунари пружају место за стављање честица које желите да тестирате. Особа мора бити веома опрезна да не поремети гел приликом учитавања честица. Пуцање или ломљење гела ће вероватно утицати на ваше резултате.